Zöllnitz befindet sich südlich der kreisfreien Stadt Jena. Die Orte Laasdorf und Sulza grenzen unmittelbar an die Gemeinde an. Jena erreichen Sie bequem in ca. 15 Fahrminuten. Der Bahnhof Neue Schenke, über den der regionale Bahnverkehr von Gera über Jena bis nach Weimar verkehrt, ist auch mit dem Fahrrad in Reichweite. Elektrofachmärkte, Baumärkte, Autohäuser, das Universitätsklinikum und Einkaufsmöglichkeiten sind gut erreichbar.