Der Stadtteil Nilkheim liegt auf der linken Mainseite. Es grenzt im Süden an Niedernberg im Landkreis Miltenberg, im Westen an Großostheim und im Norden an Stockstadt am Main im Landkreis Aschaffenburg sowie an die Stadtteile Leider und Obernau der Stadt Aschaffenburg.
Weitgehend alle Einkaufsmöglichkeiten liegen in unmittelbarer Nähe.
Eine gut frequentierter Busanbindung zur Aschaffenburger Innenstadt und zum Hauptbahnhof ist vorhanden.
Die Innenstadt ist etwa 10 Autominuten entfernt.
Besondere Erwähnung verdient die unmittelbare Lage am Park Schönbusch, ein großer Erholungspark mit weitläufiger Fläche.