Höxter ist die östlichste Stadt Nordrhein-Westfalens und liegt im Holzmindener Wesertal (Teil des oberen Wesertals) unmittelbar westlich des Solling und östlich des Oberwälder Landes am Ostrand des Naturparks Teutoburger Wald / Eggegebirge. Der östlichste Punkt des Landes liegt im Ortsteil Stahle. Der überwiegende Teil des Stadtgebiets liegt auf der westlichen Weserseite. Auf der östlichen Weserseite liegen lediglich der Ortsteil Lüchtringen sowie das Brückfeld, eine der Kernstadt Höxter vorgelagerte Flusshalbinsel der Weser. Östlich von Höxter schließt sich der schon zu Niedersachsen gehörende Solling an. Am südlichen Rand des Stadtgebiets nahe Godelheim mündet die Nethe in die Weser, in der Kernstadt Höxter der Bollerbach, die Grube und die Schelpe sowie in Albaxen die Saumer.